Při velké opravě v roce 1866 bylo mimo jiné rozhodnuto, že je
třeba podstatně zvýšit přesnost a spolehlivost chodu orloje. To
nebylo možné při zachování řízení jicího stroje vřetenovým krokem.
Projekt doplnění orloje o přesný řídící chronometr, který bude nadále každou minutu
spouštět starý stroj byl svěřen Romualdu
Božkovi (1814 - 1899). Z původního jicího stroje byl odstraněn lihýř, vypuštěno krokové kolo a
doplněna spoušť ovládaná externím chronometrem. Dnes bychom takovou úlohu řešili asi
poměrně jednoduše. Před starý stroj orloje by se vřadila elektronické
řídící jednotka vypouštějící původní stroj v intervalech odpovídajících původnímu lihýři.
Ale i v roce 1866 úlohu řešili na úrovni HI TECH své doby. Bylo potřeba postavit robustní chronometr, který půjde dostatečně přesně ve velmi proměnlivých klimatických podmínkách a bez vlivu chodu stroje na oscilátor. V té době již byly známé některé metody, jak přesnost chodu zvyšovat. Především musel být stroj řízen kyvadlem a to kyvadlem teplotně kompenzovaným. Krok stroje musel být krok s konstantní popudnou silou, aby co nejméně ovlivňoval dobu kyvu. Romuald Božek se inspiroval způsobem, který byl použit při vzniku jedněch z největších věžních hodin - hodin ve věži Westminsterského paláce - hodinami, kterým se podle použitého zvonu, také říká Big Ben. Na obrázku z roku 1866 stroje vystaveny před instalací do věže. V pozadí Božkův chronometr, v popření hlavní stroje orloje s již přestaveným jicím strojem.
Pro chronometr Pražského orloje bylo použito kyvadlo teplotně kompenzované rtutí. Je použito 25 kg rtuti. Teplotní roztažnost rtuti v čočce kyvadla vyrovnává změnu délky závěsu při změnách vnějších podmínek. Denisonův gravitační krok s konstantní popudnou silou pomocí výkyvných ramen ( Edmund Denison 1816 - 1905) omezí vliv stroje na dobu kyvu. Dalším konstrukčním detailem, který zvyšoval přesnost chodu bylo vložení Dentovy spirály (Edward John Dent 1790 - 1853 hlavní autor Big Benu) mezi hnací soukolí a krok. Rovnoměrnější otáčení bylo dále zajišťováno pomocí zpomalovacího větrníku. I při velmi rozdílných venkovních teplotách jde chronometr s přesností několika sekund za týden.
Ještě je třeba podotknout, že současný stroj je kopie chronometru zničeného při požáru v roce 1945.
Spojení chronometru se spouští starého stroje je provedeno tenkým měděným drátkem. Drát je veden vzhůru nad zasklené dveře výklenku, ve kterém chronometr stojí, k zarážce hlavního stroje. Jednou za minutu je zarážka uvolněna a jicí stroj Pražského orloje vykoná "krok". Začátek drátu je nejlépe vidět na třetím obrázku chronometru.
Vlastní mechanizmus dvoustupňové zarážky vidíme na dalším obrázku. Představuje propojení moderního "časoměru", jak byl chronometr dobově nazýván, s nejstarší částí orloje. Spoušť byla poměrně citlivě zabudována do původního jicího stroje. Místo korunového kola a vřetena je použito kolo s bočním ozubením. To umožňuje orientovat osy vypouštěcího soukolí kolmo k stávajícím a vyvést tak vypouštěcí rameno se značně rozměrným brzdícím větrníkem na boční stranu rámu. Větrník by byl na obrázku zcela vlevo.
Vlastní zarážka je dvoustupňová. Výpustné rameno (samostatně na dolním obrázku) v klidu spočívá na horní zarážce na lomené páce. Při zatažení za drát vzhůru dojde k "náběhu". Lomená páka je zdvižena, rameno je uvolněno z horní zarážky a propadne na dolní zarážku. Tento stav je zachycen na fotografii. Po uvolnění drátu, rameno sklouzne ze spodní zarážky, vykoná otáčku a zarazí se znovu na horní zarážce. Aby se lomená páka spolehlivě sklopila, je zatížena závažím připomínající závaží kukaček. Jedna otáčka ramene je pomocí dvou nových kol s čelním převodem převedena na pastorek zabírající do již zmíněného kola s bočním ozubením. Jicí stroj vykoná posun o minutu.
Ještě nedávno potřeboval vypouštěný jicí stroj poměrně značnou rezervu výkonu pro spolehlivý chod. Nepříjemným vedlejším efektem byly silné rázy v konstrukci. Současnému orlojníkovi se podařilo nedestruktivním způsobem změnit vyvážení výpustného ramene tak, že bylo možné významně snížit tah závaží a tím dosáhnout zklidnění chodu.
Pro kontrolu chodu dnes používá orlojník hodiny řízené radiovým signálem DCF. S trochou nadsázky lze říci, že Pražský orloj, s pomocí rukou orlojníka, jde i po 600 letech s přesností atomových hodin.