V učivu literatury pro žáky školou povinné je dlouhá léta slavný epigram Karla Havlíčka Borovského: „Českých knih jsou nepřátelé lítí - plesnivina, moli, jezoviti“. Mnohdy je to jediný názor na jezuity, řádu Tovaryšstva Ježíšova (SJ), máme v povědomí. Je podporován Aloisem Jiráskem a jeho románem Temno, známou to povinnou školní četbou. Jezuiti jsou dáváni do pozice nepřátel všeho českého. Nic není jednoznačně černobílé a skutečnost se od této představy výrazně liší.
Řád byl založen v roce 1540 jako reakce na protestantismus. Do Čech přišli jezuité již v roce 1556 a začali zde stavět latinskou školu, dnes rozsáhlý komplex Klementina. Název pochází od původního kostela sv. Klimenta s dominikánským klášterem, zničeným husity. Jejich doménou bylo vzdělávání, kultura a vědy v době, kdy se střetávaly různé koncepce křesťanského pohledu na svět a na člověka. Svět poznávali a dbali na místní podmínky v působištích. Není náhodou, že Biblioteca Nationalis - Národní knihovna, byla už v původním Klementinu. V Barokním sále je dodnes a současná instituce, Národní knihovna České republiky, má základní sídlo také v Klementinu.
Areál byl dokončován dvě stě let, ale v roce 1773 byl řád jezuitů celosvětově zrušen. Byl obnoven v roce 1814. Stavebně se podstatně nezměnil a dnes je po Pražském hradě druhým největším historickým komplexem budov v Praze. Existovaly tak vedle sebe dvě vysoké školy – jedna protestantská a druhá katolická, což přispívalo k dobré úrovni obou.
Členy řádu byli i osoby, které můžeme i dnes prohlásit za vlastence. O Bohuslavovi Balbínovi (1621 - 1688), barokním literátovi, historikovi a pedagogovi jsme se již zmínili. Z humanistických vědců připomeňme ještě Josefa Dobrovského (1753-1829), filologa, historika a zakladatele slavistiky.
Na Karlově univerzitě se astronomie vyučovala, od samého jejího založení, na artistické fakultě, dnešní filozofické fakulty. Absolvent univerzity musel povinně projít základním astronomickým kurzem. Proto nepřekvapuje, že se uvádí, že Pražský orloj navrhl mistr Jan Ondřejův zvaný Šindel.
Doba panování císaře Rudolfa II. znamenala pro Prahu velký přínos pro rozvoj umění a vědy. V Praze působil v té době nejslavnější astronom Evropy, Dán Tycho Brahe (1546 - 1601), někdy je uváděn i se šlechtickým titulem Tycho de Brahe. Je považován za nejlepšího a nejpřesnějšího pozorovatele hvězdné oblohy, jenž byl překonán až šedesát let po vynalezení dalekohledu. Kovové přístroje jeho konstrukce byly v úhlových měřeních ve své době nejpřesnější (sextant císařského mechanika Erasma Habermela). Pro Tychona bylo důležité, co sám naměřil, ale denní ani noční paralaxu hvězd změřit nemohl, tak přesné jeho přístroje nebyly. Koperníkův systém už znal. Kdyby byl schopen paralaxy změřit, mohl by jeho platnost dokázat (první paralaxy byly změřeny až kolem roku 1830). Nevěděl ani o Jupiterových měsících, které byly až po jeho smrti objeveny Galileem a tento objev koperníkovskou teorii podporoval. Navrhl vlastní planetární systém, který jeho měřením vyhovoval.
Tychonovo uspořádání příštích dvě stě let konkurovalo ptolemaiovské i koperníkovské teorii. Zemi s otáčejícím se Měsícem umístil do středu svého systému. Slunce rovněž obíhá kolem Země, ale všechny tehdy známé planety (Merkur, Venuše, Mars, Jupiter a Saturn ) obíhají kolem Slunce a spolu s ním kolem Země. Zemí ve středu vesmíru vyhověl teologům, obíhání planet kolem Slunce odpovídalo praktickým pozorováním.
V době, kdy na hvězdářské observatoři v Klementinu působil Jan Klein (1684 - 1762), stále nebyl uznáván jako oficiální názor koperníkovský systém uspořádání sluneční soustavy. Jezuitští vědci v přírodních oborech byli ve zvláštní pozici a někdy se dostávali do rozporu s ideologickými křesťanskými dogmaty. Snad proto byl Tychonův systém jako kompromis přijatelný. Klein vyrobil jedny astronomické hodiny (1752) podle Koperníkova systému a další (1751-1756) podle Tychonova. Dnes bychom je zařadili do demonstračních astronomických strojů jako planetaria, podobně jako současný orloj v Olomouci. Kromě oběhu planet ukazují běžné časové údaje a kalendarium. Klein byl zručný mechanik a vytvořil několik dalších hodin, které mají i mimořádné hodnoty estetické. Tzv. Trautmansdorfské mají chronometr z roku 1596, stolová zdobená skříň je z roku 1753. Další hodiny z matematického muzea jsou se zvonkohrou. Hodiny byly součástí matematického muzea a přes pohnutou historii sbírek zůstaly v původních klementinských prostorách dodnes. Jedny z Kleinových hodin jsou také ve sbírkách v drážďanském Zwingeru.
Sbírka historických hodin a chronometrů byla součástí sbírek původního matematického muzea klementinské koleje. Byla nejstarším veřejným muzeem v českých zemích a vyjadřovala zájem zdejších jezuitů o matematicko-astronomická studia. Obsahovala vědecké přístroje používané při výkladech geometrie, fyziky, mechaniky a astronomie, zahrnovala glóby zemské i nebeské, astronomické, drobnohledy a čočky. Původní muzeum bylo umístěno v třípatrové budově kolejního křídla z roku 1577, kde zabíralo osm místností v prvním patře v matematickém sále. Bylo doplňováno přístroji, které sestrojili sami správci muzea. Historické chronometry jsou dnes kulturními památkami.
Jan Klein byl správcem Matematického muzea v letech 1732–1762. Snažil se také o opravu orloje, který byl v jeho době ve špatném technickém stavu a mimo provoz. Na městské správě požadoval jen úhradu materiálu, ale jeho návrhy a snaha byla marná. V Klementinu už delší dobu stála Astronomická věž (1722?). Jezuité zde zřídili hvězdárnu, tak jako i jinde ve světě. O astronomii jevili velký zájem, protože chtěli poznat uspořádání světa a vesmíru.
Další významný člen řádu, matematik Josef Stepling (1716 - 1778) byl ředitel hvězdárny a univerzitním profesorem astronomie. Začal v Klementinu pravidelně sledovat denní teploty už od roku 1752. Od roku 1775 je tato řada nepřerušená a měří se třikrát denně. Tento fakt je unikátní i v mezinárodních souvislostech. Spolu s mechanikem Janem Kleinem se tak zasloužili o vybudování odborného astronomického pracoviště, ve své době vybavené dokonalými přístroji. Po zrušení řádu (1773) se hvězdárna dostala pod kontrolu státu, ale Stepling zůstal nadále ředitelem. Jeho nástupcem byl jeho žák, matematik a hvězdář Antonín Strnad (1746 - 1799), který se také stal po zrušení řádu civilní osobou. Ten byl později jmenován profesorem matematiky, fyzikální geografie a astronomie, v roce 1795 také rektorem univerzity.
Je připomínán snad i jako svobodný zednář. Zajímal se stejně jako Jan Klein o staroměstský orloj a zasloužil se o jeho rekonstrukci v letech 1787 - 1791. V roce 1787 v souvislosti s úpravami radnice měl být celý nefunkční stroj zrušen a prodán do starého železa. Jednomu z radních, V. Fischerovi, se podařilo tento návrh zvrátit a oprava pak byla provedena podle Strnadova návrhu. Hodinář Janu Landesberger uvedl stroj do chodu, ale dokázal opravit pouze mechanickou část hodin. Astronomický kalendář byl nadále nefunkční a opravy se dočkal až v dalším století, při velké rekonstrukci v letech 1864 - 1865.
Po obnovení řádu jezuitského řádu (1814) se jezuité do Klementina už nevrátili, status klementinské hvězdárny se ale nezměnil. Byla v provozu až do roku počátku II. světové války. V té době byla už postavena nová hvězdárna v Praze na Petříně (1929), která se dnes opět jmenuje Štefánikova. Klementinská "Matematická věž" je dnes součást Národní knihovny a vědecké funkce již neplní.